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目前，發酵被廣泛應用于醫藥工業，食品，能源，化工，農業和環境保護。發酵和其他化學工業的最大區別在于它是一種由微生物參與的生物化學反應。一般來說，發酵過程是在正常的溫度和壓力下進行的生化反應，反應安全要求的反應條件簡單。

發酵過程中采用的原料是更廣泛的，通常基于淀粉，糖蜜等農副產品，只需添加少量的有機和無機氮源反應即可進行。由于種類不同，微生物可以選擇性地利用所需營養。基于這一特性，微生物可以利用廢水和廢物作為發酵的原材料來修復和更新生物資源。

發酵過程是由微生物的自動調節來完成的，使反應特異性強，可以得到更多的單一代謝產物；它可以對化合物的某些特定部分進行高度選擇性的化學轉化反應，如氧化，還原，等，也會產生一些更復雜的高分子化合物。

菌種是發酵的基本因素，通過菌株突變及篩選，可以獲得高產的優良菌株和充分利用生產設備，也可以得到一些用常規方法很難生產的產品。

與其他行業相比，發酵可達到顯著的經濟效益而且具有投資少、見效快的優點。

與傳統發酵相比，現代發酵工程除了上述特性也有自身的優勢。

除了微生物，我們也可以利用“工程菌”在和動物和植物細胞和酶的幫助下參與反應。該設備不僅是傳統的發酵罐也是各種高水平的的連續化和自動化生物反應器，使發酵過程得到改進和創新。